中科院古脊椎所是我国目前唯一专门从事古脊椎动物学、古人类学及相关生物地层学研究的学术机构，现设有古低等脊椎动物研究室、古哺乳动物研究室、古人类及旧石器研究室和环境演化研究室四个研究室，以及周口店古人类研究中心和中国科学院脊椎动物演化与人类起源重点实验室；并设有古生物学与地层学、地球生物学、科技考古专业的博士、硕士研究生培养点和博士后科研流动站。
中科院古脊椎所建有国内规模最大的古脊椎动物、古人类化石及石器标本的标本馆，馆藏标本达20万件；建有世界规模最大、条件最齐全的标本修理室，业务涵盖了化石修理、模型制作、复原装架、标本清绘、生态复原制图、化石照相等；拥有一个对公众开放的中国古动物馆，每年接待国内外观众10余万人；挂靠学会有中国古脊椎动物学分会、中国第四纪科学研究会古人类—旧石器专业委员会、中国第四纪科学研究会地层专业委员会。主办刊物有《中国古生物志》（丙、丁种）、《古脊椎动物学报》、《人类学学报》、《中国科学院古脊椎动物与古人类研究所集刊》等专业杂志和《化石》、《恐龙》科普杂志。
中科院软件研究所位于北京海淀区中关村南四街4号中国科学院软件园内，是一所致力于计算机科学理论和软件高新技术的研究与发展的综合性基地型研究所，现拥有无锡、重庆、哈尔滨、广州、青岛、南京、贵阳七处研究所分部研发基地，已形成了以多个国家重点实验室、国家工程研究中心为龙头的基础前沿研究、软件高技术研究和软件应用研究三大科研体系，建立了计算机科学、计算机软件、计算机应用技术等重点学科领域和相关学科方向的学科布局。
中科院软件研究所设有软件基础研究部、软件高技术研究部、软件应用研究部和软件发展研究部等四个研究部以及总体部，集中了一批学术造诣深厚、享誉国内外的科学家，拥有一支高素质、高水平的青年科技人才队伍；现有计算机科学与技术、软件工程两个一级学科硕士、博士研究生培养点，计算机技术、软件工程两个全日制专业学位硕士研究生培养点；并设有计算机科学与技术、软件工程两个博士后科研工作流动站。
山东电力工程咨询院有限公司是隶属于国家核电技术公司的一家国内一流、具有一定国际竞争力的电力设计咨询和工程建设服务供应商，拥有工程咨询、电力设计、工程勘察、工程总承包等甲级资质，拥有对外经济技术合作经营权和进出口权，现已形成了集工程咨询、规划评估、勘察设计、工程总承包、工程项目管理等业务于一身的发展格局，具备了为电力工程建设和运营提供全方位、全产业链条的资质和能力。
山东电力工程咨询院紧紧围绕主营业务开展重点领域关键技术研究，山东院成立清洁能源发电、电厂性能指标、空冷技术、钢结构设计技术、电网新技术研究中心等九个工程技术研究中心，推动了整体技术实力的提高。与国内外高校、科研机构、公司开展科研合作，联合攻关，形成一系列高水平的科技成果。
山东省建筑设计研究院是国内著名的综合性建筑设计研究院，也是国家甲级勘察设计单位，拥有20种咨询、设计资质，其中建筑工程、城乡规划编制、市政公用（排水）、岩土工程、工程咨询（建筑专业）、施工图设计文件审查为甲级资质，在山东省同行业中综合实力名列前茅，技术水平首屈一指。
山东省建筑设计研究院现设有8个综合设计分院（所）、6个驻外分支机构、7个职能管理部门及若干专业技术研究部门和多种经营实体；拥有规划、建筑、结构、给排水、空调、热动、电气（强、弱、智能）、建筑经济、工程地质、工程测量、环境设计、装饰装修工程、工程鉴定、加固、地基处理等十几项业务，其设计成果遍布国内京、沪、苏、粤、藏等二十几个省市、自治区和亚洲、非洲、大洋洲、北美洲等十几个国家。
上海农科院畜牧兽医所是国家级社会公益性畜牧兽医综合科技创新研究机构，以畜禽和牧草为主要研究对象，以资源研究和品种培育为基础，以生物技术为手段，以营养与饲养技术研究为保障，以生产优质安全畜禽产品为目标，主要从事家畜家禽健康养殖、遗传育种、疫病防治诊断技术、兽用生物制品研发等方面的研究工作。
上海农科院畜牧兽医所下设动物营养研究室、动物遗传育种研究室、动物生物制品研发中心、动物基因工程研究室及动物疫病预防研究室五个研究室（中心）；《上海畜牧兽医通讯》、《国外畜牧学——猪与禽》编辑部两个专业期刊编辑部；上海佳牧兽用生物制品有限公司、上海申丰畜牧兽医科技有限公司两个成果转化实体；上海白猪种猪场、黄羽肉鸡种鸡场及白山羊种羊场三个科研、实验基地。
城市环境研究所是直属于中国科学院的目前国际唯一的专门从事城市环境综合研究的国立研究机构，也是国家技术部“国际科技合作基地”、“国家级对台科技合作与交流基地”，拥有“中科院城市环境与健康重点实验室”、“厦门水环境安全与水质保障工程技术研究中心”、“中科院厦门生物产业技术研究开发公共服务平台”、国际科联“城市健康计划国际项目办公室”；拥有“环境科学与工程”、“生态学”专业一级学科博士、硕士学位授予点，以及“环境科学与工程”博士后科研流动站。
城市环境研究所坚持知识创新、技术创新与区域创新相结合，面向国际城市环境科学技术的发展前沿，面向国家城市化进程中可持续发展的重大战略需求，在城市生态环境与健康、城市环境污染控制技术、城市环境工程与循环经济、城市生态环境规划与环境管理等领域，开展理论研究、技术研发、系统集成和工程示范，努力发展成为国际知名的城市环境研究机构。
生态环境研究中心是经国家科委和中国科学院批准，由前中国科学院环境化学研究所与中国科学院生态学研究中心合并成立的中国科学院直属研究机构，拥有环境科学、环境工程、生态学、分析化学、有机化学、环境经济与环境管理专业博士学位点；环境科学、环境工程、生态学、分析化学、有机化学、环境经济与环境管理专业硕士学位点；环境工程、生物工程等工程硕士学位点。设有环境科学与工程、生物学、生态学3个博士后流动站，是中国科学院博士生重点培养基地。
生态环境研究中心现设有环境化学与生态毒理学国家重点实验室、环境水质学国家重点实验室、城市与区域生态国家重点实验室，以及中科院环境生物技术重点实验室、饮用水科学与技术重点实验室、大气环境科学实验室、水污染控制实验室、土壤环境科学实验室、环境纳米材料实验室、固体废弃物处理与资源化实验室、大气污染控制中心11个研究机构；建有“持久性有毒污染物形态、环境过程与毒理效应”、“环境微界面过程与污染控制”、“土地利用与生态过程”、“持久性有毒污染物的环境过程与毒理效应”等4个国家基金委创新研究群体和3个“中国科学院创新研究团队” 以及北京城市生态系统研究站。另设有文献信息中心、环境评价部、大型分析仪器实验室、二恶英实验室、水质分析实验室。二恶英实验室通过了实验室认可和计量认证、水质分析实验室通过计量认证。
浙江清华长三角研究院是由浙江省人民政府与清华大学共同建设的集“政、产、学、研、金、介、用”七位于一体的研究机构，本着优势互补、共同发展的精神联合组建的研究机构，以“坚持科技研究，坚持产业发展”为方针，致力于发展成为省校合作的桥梁，人才培养的摇篮，科技创新的平台，成果转化的基地。
浙江清华长三角研究院以清华大学科技、人才为依托，立足浙江，面向长三角地区经济社会发展需求，以国务院批准实施《长江三角洲地区区域规划》为契机，大力开展科技创新、技术服务、人才培养和高新技术产业化工作，为更好地发挥清华大学服务社会职能，推动长三角地区经济社会发展方式转变，实现科学发展、和谐发展、率先发展作出积极贡献。
中科院高能物理研究所是我国从事高能物理研究、先进加速器物理与技术研究及开发利用、先进射线技术与应用的综合性研究基地，也是中国高能物理学会、粒子加速器学会、核电子学与探测技术学会、同步辐射专业委员会、引力与相对论专业委员会、毒理学会纳米毒理学专业委员会的挂靠单位，开创并推动了中国的粒子物理实验、粒子天体物理实验、粒子加速器物理与技术、同步辐射技术及应用等学科领域的研究和发展，培养了一批优秀科学家，取得了一批高水平研究成果，研发了许多高技术产品，为国家科技事业发展作出了重要贡献。
中科院高能物理研究所建有北京正负电子对撞机国家实验室、核探测与核电子学国家重点实验室，以及粒子天体物理重点实验室、纳米生物效应与安全重点实验室2个中国科学院重点实验室和北京市射线成像技术与装备工程中心。高能所下设实验物理中心、粒子天体物理中心、理论物理室、计算中心、加速器中心、多学科研究中心、核技术应用研究中心等7个研究单位，并在广东东莞设有分部。
中国核动力研究设计院是隶属于中国核工业集团公司的中国唯一集核反应堆工程研究、设计、试验、运行和小批量生产为一体的大型综合性科研基地，也是以研究设计核动力为主，带动其它堆型反应堆相关技术研究设计的国家战略高科技研究设计院，在我国高新技术领域和先进能源开发工业体系中占有重要的地位，被誉为“中国核动力工程的摇篮”。
中国核动力研究设计院建立了90多个实验室，设有多学科的硕士、博士授权点和博士后流动站，已经形成包括核动力工程设计、核蒸汽供应系统设备集成供应、反应堆运行和应用研究、反应堆工程实验研究、核燃料和材料研究、同位素生产和核技术服务与应用研究等完整的科研生产体系，致力副教授打造成为中国核工程研发中心、国际一流研究设计院。
