太湖流域管理局成立于1984年，其前身是1964年成立的太湖水利局，是国家水利部在太湖流域、钱塘江流域和浙江省、福建省（韩江流域除外）范围内的派出机构，代表水利部行使所在流域内的水行政主要职责，主要负责保障流域水资源的合理开发利用、流域水资源的管理和监督和水资源保护工作，以及防治流域内的水旱灾害，指导、协调流域内水土流失防治工作等。
太湖流域管理局现内设办公室、规划计划处、水政水资源处、财务处、人事处、建设与管理处、安全监督处、科技外事处、防汛抗旱办公室、监察处、直属机关党委、太湖工会等枫构；含太湖流域水资源保护局单列机构；拥有太湖流域管理局水文局、太湖流域管理局水利发展研究中心、太湖流域管理局综合事业发展中心、太湖流域管理局苏州管理局、太湖流域管理局苏州培训中心、太湖流域管理局太湖流域水土保持监测中心站等六个事业单位。
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